CLUSTAL 2.0.12 multiple sequence alignment HIV1ND -----------------------------------------FFR------EDLAFPQGKA HIV1Z2 -----------------------------------------FFR------EDLAFPQGKA HIV1H2 -----------------------------------------FFR------EDLAFLQGKA HIV1PV -----------------------------------------FFR------EDLAFLQGKA HIV1B5 -----------------------------------------FFR------EDLAFLQGKA HIV1N5 -----------------------------------------FFR------EDLAFPQGKA HIV1MN -----------------------------------------FFR------EDLAFLQGKA HIV1OY -----------------------------------------FFR------EDLAFPQGKA HIV1U4 -----------------------------------------FFR------ENLAFQQGEA SIVCZ ---------------STKKKRLLAVWARGTPNERLHRKTGEFFR------ERLAFPQREA HIV2CA --------------------------------------TGGFFRDWPLGKEAPQFPRGPS HIV2RO --------------------------------------TGRFFRTGPLGKEAPQLPRGPS HIV2SB --------------------------------------TGWFFRAWTMGKEAPQLPRGPK HIV2KR --------------------------------------TGWFFRDWPMGKEASQLPRDPS HIV2ST ------------------KTRLLEMWQGRTHHGKMPRKTGGFFRVGPMGKEAPQFPCGPN HIV2D1 VLELWKGGTLGETVPSTQKTGLLEVWQVRTHHGKLPGKTGRFFRDGPTGKAAPQLPRGPS HIV2G1 ------------------------MWQDRTRHGKMPRKTGRFFRDGSMGKEAPQLPRGPS Smanga_S4 -------------------------------------KTGGFFRAWPMGKEAPQFPHGPD Smanga_SP ----------------------------------MPRKTSGFFRAWPMGKEAPQFPHGPD *** : HIV1ND GEFSSEQTRAN------------SPTSRELRVWGGDN-PLSETG---------------- HIV1Z2 GELSSEQTRAN------------SPTSRELRVWGRDN-PLSETG---------------- HIV1H2 REFSSEQTRAN------------SPTRRELQVWGRDNNSPSEAG---------------- HIV1PV REFSSEQTRANSPTISSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSPSEAG---------------- HIV1B5 REFSSEQTRANSPTISSEQTRANSPTRRELQVWGRDNNSPSEAG---------------- HIV1N5 REFSSEQTRAN------------SPTRRELQVWGRDNNSLSEAG---------------- HIV1MN -EFSSEQNRAN------------SPTRRELQVWGRDNNSLSEAGEEA------------G HIV1OY REFSSEQTRAN------------SPTSRELRVWGRDNNSPSEA----------------G HIV1U4 REFSSEQTRAN------------SPTSRNLWDGGKDD-LPCETG---------------- SIVCZ RQLCAEQNRTN------------GPTDRELWVPGGREEPGEERG---------------- HIV2CA STGANTNSTPIGSS--------SGSTGEIYAAREKAEGAETETIQRGDRGLTAPRTRRGP HIV2RO SAGADTNSTPSGSS--------SGSTGEIYAAREKTERAERETIQGSDRGLTAPRAGGDT HIV2SB FAGANTNSTPNGSS--------SGPTGEVHAAREKTERAETKTIQRSDRGLAASRARRDT HIV2KR PAGADTNSTPSRPS--------SRPAREVLAAREEAERAENETIQGGDRGLTAPRTRRDT HIV2ST PAGADTNSTPDRPS--------RGPTREVHAAREKAERAEREAIQRSDRGLPAARETRDT HIV2D1 SSGADTNSTPNRSS--------SGPVGEIYAAREKAERAEGETIQGGDGGLTAPRAGRDA HIV2G1 SSGADTNSTPSRSS--------SGSIGKIYAAGERAEGAEGETIQRGDGRLTAPRAGKST Smanga_S4 ASGADTNCSPRGSS--------CGSTEELHEDGQKAEGEQRETLQGG------------- Smanga_SP ASGADTNCSPRGSS--------CGSTEELHEDGQKAEGEQRETLQGG------------- . : . . . : : HIV1ND AERQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGG HIV1Z2 AERQGTVSFNCPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGG HIV1H2 ADRQGTVSFNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGG HIV1PV ADRQGTVSFNFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGG HIV1B5 ADRQGTVSFNFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGG HIV1N5 ADRQGTVSFSFPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGG HIV1MN DDRQGPVSFSFPQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLGEMNLPRRWKPKMIGG HIV1OY ADRQGTVSFNLPQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGG HIV1U4 AERQGTDSFSFPQITLWQRPLVTVKIGGQLIEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKIIGG SIVCZ --REQSISTNLPQITLWQRPLIPVKVEGQLCEALLDTGADDTVIERIQLQGLWKPKMIGG HIV2CA MQGD-NRGLAAPQFSLWKRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGSNYSPKIVGG HIV2RO IQGATNRGLAAPQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGG HIV2SB TQRD-DRGLAAPQFSLWKRPVVTAYIEDQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGSNYSPKIVGG HIV2KR TQRG-DRGFAAPQFSLWKRPVVTAYVEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGSNYSPKIVGG HIV2ST MQRD-DRGLAAPQFSLWKRPVVTAHVEGQPVEVLLDTGADDSIVAGVELGSNYSPKIVGG HIV2D1 PQRG-DRGLATPQFSLWKRPVVTAFIEDQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGDNYTPKIVGG HIV2G1 SQRG-DRGLAAPQFSLWKRPVVTAYIEVQPVEVLLDTGADDSIVAGIQLGDNYVPKIVGG Smanga_S4 -----DRGFAAPQFSLWRRPVVTAYIEEQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGPNYTPKIVGG Smanga_SP -----NGGFAAPQFSLWRRPIVTAYIEEQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGPNYTPKIVGG . **.:**:**::. : * *.********::: :.* : **::** HIV1ND IGGFIKVRQYDQILIEICGYKAMGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1Z2 IGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1H2 IGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1PV IGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1B5 IGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1N5 IGGFIKVGQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPV HIV1MN IGGFIKVRQYDQITIGICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIETVPV HIV1OY IGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQLGCTLNFPISPIETVPV HIV1U4 IGGFIKVRQYDQILIEICGKKTIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNFPISPIETVPV SIVCZ IGGFIKVKQFDNVHIEIEGRKVVGTVLVGPTPVNIIGRNILTQLGCTLVFPISSIETVPV HIV2CA IGGFINTKEYKNVEIEVLGKRVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPVAKIEPIKI HIV2RO IGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPVAKVEPIKI HIV2SB IGGFINTKEYKDVEIRVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPVAKIEPVKV HIV2KR IGGFINTKEYKNVEIKVLNKKVKATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPVAKVDPIKV HIV2ST IGGFINTKEYKNVEIRVLNKRVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPVAKIEPIKI HIV2D1 IGGFINTKEYKNVEIKVLNKRVRATIMTGDTPINIFGRNILATLGMSLNLPVAKLDPIKV HIV2G1 IGGFINTKEIKNIEIKVLNKRVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNLPIAKIEPIKV Smanga_S4 IGGFINTKEYKDVKIKVLGKVIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTAMGMSLNLPIAKVEPIKV Smanga_SP IGGFINTKEYKDVKIKVLGKVIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTAMGMSLNLPIAKVEPIKV *****:. : .:: * : . .*::.* **:**:***:*: :* :* :*:: ::.: : HIV1ND KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALTEICTEMEKEGKISRIGPENPYNTPIFAIKKKDSTK HIV1Z2 KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALTEICTEMEKEGKISRVGPENPYNTPIFAIKKKDSTK HIV1H2 KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1PV KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1B5 KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1N5 KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1MN KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALIEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1OY KLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKVLIEICTEMEKEGKISKVGPENPYNTPVFAIKKKDSTK HIV1U4 KLKPEMDGPKVKQWPLTEEKIKALTEICNEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTK SIVCZ KLKPGMDGPKVKQWPLSAEKIKALTEICQEMEKEGKISKIGPENPYNTPIFAIKKKDSTK HIV2CA MLKPGKDGPRLRQWPLTKEKIEALKEICEKMEKEGQLEEAPPTNPYNTPTFAIRKKDKNK HIV2RO MLKPGKDGPKLRQWPLTKEKIEALKEICEKMEKEGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK HIV2SB TLKPGKDGPKQRQWPLTREKIEALREICEKMEREGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK HIV2KR ILKPGKDGPKVRQWPLTKEKIEALKEICEKMEREGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK HIV2ST MLKPGKDGPKLRQWPLTKEKIEALKEICEKMEREGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK HIV2D1 TLKPGKDGPRLKQWPLTKEKIEALKEICEKMEREGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK HIV2G1 TLKPGKDGPRLRQWPLTKEKIEALREICEKMEKEGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK Smanga_S4 TLKPGKEGPKLRQWPLSKEKIIALREICEKMEKDGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK Smanga_SP TLKPGKDGPKLRQWPLSKEKIIALREICEKMEKDGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDKNK *** :**: :****: *** .* *** :**::*::.. * ****** ***:***..* HIV1ND WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAF HIV1Z2 WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAF HIV1H2 WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAF HIV1PV WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAF HIV1B5 WRKLVDFRELNRRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAF HIV1N5 WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKQKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAF HIV1MN WRKLVDFRELNKKTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAF HIV1OY WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDKDFRKYTAF HIV1U4 WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHTAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDESFRKYTAF SIVCZ WRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSCPLDKDFRKYTAF HIV2CA WRMLIDFRELNKVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKRRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRQYTAF HIV2RO WRMLIDFRELNKVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKRRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRPYTAF HIV2SB WRMLIDFRELNKVTQDFTEVQLGIPHPAGLAKKRRITVLDVGDAYFSIPLYEDFRQYTAF HIV2KR WRMLIDFRELNKVTQEFTEIQLGIPHPAGLAKKRRITVLDIGDAYFSIPLHEDFRQYTAF HIV2ST WRMLIDFRELNKVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKKRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRQYTAF HIV2D1 WRMLIDFRELNRVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKKRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRQYTAF HIV2G1 WRMLIDFRELNRVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKKRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRQYTAF Smanga_S4 WRMLIDFRELNKVTQDFTEVQLGIPHPAGLAKRRRITVLDVGDAYFSIPLDEEFRQYTAF Smanga_SP WRMLIDFRELNKVTQDFTEVQLGIPHPAGLAKRRRITVLDVGDAYFSIPLDEEFRQYTAF ** *:******: **:* *:******.*** ::: :****:****** ** :.** **** HIV1ND TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPEIVIYQYMDDLYVG HIV1Z2 TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPEIVIYQYMDDLYVG HIV1H2 TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1PV TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1B5 TIPSINNETPGSGYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1N5 TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQCSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1MN TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1OY TIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVG HIV1U4 TIPSINNETPGVRYQYNVLPQGWKGSPSIFQSSMTKILEPFRSQHPDIVIYQYMDDLYVG SIVCZ TIPSINNETPGVRYQYNVLPQGWKGSPSIFQSSMTKILEPFREKNPDITIYQYMDDLYVG HIV2CA TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQYTMRQVLEPFRKANSDVIIIQYMDDILIA HIV2RO TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQHTMRQVLEPFRKANKDVIIIQYMDDILIA HIV2SB TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQYTMRQVLEPFRKANPDVIIVQYMDDILIA HIV2KR TLPTVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQHTMRQVLEPFRKANPDVILVQYMDDILIA HIV2ST TLPSINNAEPGKRYIYKVSPQGWKGSPAIFQYTMRQVLEPFRKANPDIILIQYMDDILIA HIV2D1 TLPSVNNAEPEKRYVYKVLPQGWKGSPAIFQFMMRQILEPFRKANPDVILIQYMDDILIA HIV2G1 TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQHTMRQVLEPFRKANPDVILIQYMDDILIA Smanga_S4 TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQYTMRNVLEPFRKANPDVTLIQYMDDILIA Smanga_SP TLPSVNNAEPGKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQHTMRNVLEPFRKANPDVTLIQYMDDILIA *:*::** * * *:* ********:*** * ::*****. : :: : *****: :. HIV1ND SDLEIGQHRTKIEELREHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPINLPEKE HIV1Z2 SDLEIGQHRTKIEELREHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQSIKLPEKE HIV1H2 SDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKD HIV1PV SDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKD HIV1B5 SDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTIQPIVLPEKD HIV1N5 SDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKD HIV1MN SDLEIGQHRAKIEELRRHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKD HIV1OY SDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIMLPEKD HIV1U4 SDLEIGQHRAKIEELRAHLLSWGFITPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKD SIVCZ SDLEIDQHRKKVEELRQHLLKWGFTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIQLPEKE HIV2CA SDRTDLEHDKVVLQLKELLNNLGFSTPDEKFQKDPPYRWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKE HIV2RO SDRTDLEHDRVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPYHWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKE HIV2SB SDRTDLEHDKVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPYQWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKE HIV2KR SDRTDLEHDRTVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPYKWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKE HIV2ST SDRTDLEHDRVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPYQWMGYELWPTKWKLQRIQLPQKE HIV2D1 SDRTGLEHDKVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPFQWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKE HIV2G1 SDRTGLEHDKVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPLQWMGYELWPTKWKLQKLQLPQKE Smanga_S4 SDRTDLEHDRVVLQLKELLNGIGFSTPEEKFQKDPPFQWMGYELWPTKWKLQKIELPQRE Smanga_SP SDRTDLEHDRVVLQLKELLNSIGFSTPEEKFQKDPPFQWMGYELWPTKWKLQKIELPQRE ** :* : :*: * *: **::*.**:** ****** * **.:* : **::: HIV1ND SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREIL HIV1Z2 SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1H2 SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1PV SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1B5 SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1N5 SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVRQLCKLLRGTKALTEVVPLTEEAELELAENREIL HIV1MN SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1OY SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKNLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREIL HIV1U4 SWTVNDIQKLVGKLNWASQIYAGIKVKQLCKLLRGAKALTDIVTLTEEAELELAENREIL SIVCZ VWTVNDIQKLIGKLNWASQIYPGIKIKQLCKLIRGTKKLTDVVPLTPEAELELAENREIV HIV2CA VWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCRLIRGKMTLTEEVQWTELAEAELEENRIIL HIV2RO IWTVNDIQKLVGVLNWAAQLYPGIKTKHLCRLIRGKMTLTEEVQWTELAEAELEENRIIL HIV2SB VWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCKLIRGKMTPTEEVQWTELAEAELEENKIIL HIV2KR VWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCRLIRGKMTLTEEVQWTELAEAELEENKIIL HIV2ST VWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTRNLCRLIRGKMTLTEEVQWTELAEAELEENKIIL HIV2D1 IWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCKLIRGKMTLTEEVQWTELAEAELEENKIIL HIV2G1 IWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCRLIKGKMTLTEEVQWTELAEAELEENKIIL Smanga_S4 TWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCRLIRGKMTLTEEVQWTEMAEAEYEENKIIL Smanga_SP TWTVNDIQKLVGVLNWAAQIYPGIKTKHLCRLIRGKMTLTEEVQWTEMAEAEYEENKIIL *********:* ****:*:*.*** ::**:*::* *: : * ** * **: *: HIV1ND KEPVHGVYYDPSKDLIAELQKQGDGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARTRGAHTNDVKQLTE HIV1Z2 KEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGHGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLAE HIV1H2 KEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE HIV1PV KEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE HIV1B5 KEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE HIV1N5 KEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMKGAHTNDVKQLTE HIV1MN KEPVHGVYYDPSKDLIAEVQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE HIV1OY KEPVHGVYYDPSKDLVAELQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTE HIV1U4 KDPVHGVYYDPSKDLVAEIQKQGQDQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARKRSAHTNDVKQLTE SIVCZ STPVHGVYYDPDKELIAEIQKQGNCQWTYQIFQEPHKNLKTGKYARQRSAHTNDIRQLAE HIV2CA SQEQEGHYYQEEKELEATVQKDQDNQWTYKIHQE-EKILKVGKYAKIKHTHTNGVKLLAQ HIV2RO SQEQEGHYYQEEKELEATVQKDQENQWTYKIHQE-EKILKVGKYAKVKNTHTNGIRLLAQ HIV2SB SQEQEGHYYQEEKELEATVQKDQDNQWTYKVHQG-EKILKVGKYAKIKNTHTNGVRLLAQ HIV2KR SQEQEGCYYQEEKELEATVQKDQDNQWTYKIHQG-EKILKVGKYAKIKNTHTNGVRLLAH HIV2ST SQEQEGCYYQEEKELEATVQKDQDNQWTYKIHQG-GKILKVGKYAKVKNTHTNGVRLLAQ HIV2D1 SQEQEGSYYQEEEELEATVIKSQDNQWAYKIHQG-ERVLKVGKYAKIKNTHTNGVRLLAQ HIV2G1 SQEQEGYYYQEEKELEATIQKNQDNQWTYKIHQE-EKILKVGKYAKIKNTHTNGVRLLAQ Smanga_S4 SQEQEGCYYQEGKPIEATVIKSQDNQWSYKIHQE-DKVLKVGKFAKVKNTHTNGVRLLAH Smanga_SP SQEQEGCYYQEGKPLEATVIKSQDNQWSYKIHQE-DKILKVGKFAKIKNTHTNGVRLLAH . .* **: : : * : *. . **:*::.* : **.**:*: : :***.:: *:. HIV1ND AVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWIEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1Z2 VVQKISTESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWVEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1H2 AVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1PV AVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1B5 AVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1N5 AVQKIATESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1MN AVQKIATESIVIWGKTPKFRLPIQKETWETWWTEYTXATWIPEWEVVNTPPLVKLWYQLE HIV1OY AVQKITQESIVIWGKTPKFKLPIQKETWEAWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE HIV1U4 VVQKVSTESIVIWGKIPKFRLPIQKETWEAWWMEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLE SIVCZ AVQKIATESIVIWGKTPKFRLPVQKESWEAWWAEYWQATWIPEWEFINTPPLVKLWYSLE HIV2CA VVQKIGKEALVIG-RIPKFHLPVEREVWEQWWDNYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLAFNLV HIV2RO VVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVEREIWEQWWDNYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLAFNLV HIV2SB VVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVERETWEQWWDNYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLAFNLV HIV2KR VVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVERETWEQWWDNYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLAFNLV HIV2ST VVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVERDTWEQWWDNYWQVTWIPDWDFISTPPLVRLVFNLV HIV2D1 VVQKIGKEALVIWGRVPKFHLPVERDTWEQWWDNYWQVTWVPEWDFVSTPPLVRLTFNLV HIV2G1 VVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVERETWEQWWDNYWQVTWIPEWDFVSTPPLVRLTFNLV Smanga_S4 VVQKIGKEALVIWGEVPKFHLPVEREIWEQWWTDYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLVFNLV Smanga_SP VVQKIGKEAIVIWGQVPRFHLPVEREIWEQWWTDYWQVTWIPEWDFVSTPPLVRLVFNLV .***: *::** . *:*:**:::: ** ** :* .**:*:*:.:.*****:* :.* HIV1ND KEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPFTDTTNQKTELQAINLALQDSG HIV1Z2 KEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPFTDTTNQKTELQAINLALQDSG HIV1H2 KEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSG HIV1PV KEPIVGAETFYVDGAANRETRLGKAGYLTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSG HIV1B5 KEPIVGAETFYVDGAASRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTHTTNQKTELQAIHLALQDSG HIV1N5 KEPIIGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVPLTDTTNQKTELQAIHLALQDSG HIV1MN KEPIVGAETFYVDGAANRETKKGKAGYVTNRGRQKVVSLTDTTNQKTELQAIHLALQDSG HIV1OY KDPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVSLTDTTNQKTELQAIHLALQDSG HIV1U4 KDPIAGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTDRGRQKVVSLTETTNQKTELHAIHLALQDSG SIVCZ TEPIPTTDTYYVDGAANRETKTGKAGYVTDKGKQKIISLENTTNQQAELKALLLALQDSD HIV2CA GDPIPGTETFYTDGSCNRQSKEGKAGYVTDRGRDKVKILEQTTNQQAELEAFAMALTDSG HIV2RO GDPIPGAETFYTDGSCNRQSKEGKAGYVTDRGKDKVKKLEQTTNQQAELEAFAMALTDSG HIV2SB KDPIPGAETFYTDGSCNRQSKEGKAGYITDRGKDKVRILEQTTNQQAELEAFAMAVTDSG HIV2KR KDPIPGEETFYTDGSCNRQSKEGKAGYITDRGRDKVRILEQTTNQQAELEAFAMALTDSG HIV2ST KDPILGAETFYTDGSCNKQSREGKAGYITDRGRDKVRLLEQTTNQQAELEAFAMAVTDSG HIV2D1 GDPIPGTETFYTDGSCNRQSKEGKAGYVTDRGRDRVRVLEQTSNQQAELEAFAMALADSG HIV2G1 GDPIPGAETFYTDGSCNRQSKEGKARYVTDRGRDKVRVLERTTNQQAELEAFAMTLTDSG Smanga_S4 KEPIQGAETFYVDGSCNRQSREGKAGYVTDRGRDKAKLLEQTTNQQAELEAFYLALADSG Smanga_SP KEPIQGAETFYVDGSCNRQSREGKAGYVTDRGRDKAKLLEQTTNQQAELEAFYLALADSG :** :*:*.**:..:::: *** *:*::*::: : *:**::**.*: ::: **. HIV1ND LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1Z2 LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1H2 LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1PV LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKQKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1B5 LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1N5 LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDG HIV1MN LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1OY LEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVSQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDK HIV1U4 SEVNIVTDSQYALGIIQAQPDRSESEIVNQIIEKLIEKEKVYLSWVPAHKGIGGNEQVDK SIVCZ QQVNIVTDSQYVLGIIQSQPDHSESELVNQIIEELIKKEKIYLSWVPAHKGIGGNEQVDK HIV2CA PKANIIVDSQYVMGIVAGQPTESENRIVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDH HIV2RO PKVNIIVDSQYVMGISASQPTESESKIVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDH HIV2SB PKVNIVVDSQYVMGIVTGQPAESESRIVNKIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEIDH HIV2KR PKANIIVDSQYVMGIVAGQPTESESKLVNQIIEEMIKKETLYVAWVPAHKGIGGNQEVDH HIV2ST PKANIIVDSQYVMGIVAGQPTESESKIVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDH HIV2D1 PKVNIIVDSQYVMGIVAGQPTESENRIVNQIIEDMIKKEAVYVAWVPAHKGIGGNQEVDH HIV2G1 PKVNIIVDSQYVMGIVVGQPTESESRIVNQIIEDMIKKEAVYVAWVPAHKGIGGNQEVDH Smanga_S4 PKANIIVDSQYVMGIIAGQPTESESRLVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDH Smanga_SP PKANIIVDSQYVMGIVAGQPTESESRLVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDH :.**:.****.:** .** .**..:*.:***.:*:*: :*::***********:::* HIV1ND LVSQGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHNNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1Z2 LVSQGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHNNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1H2 LVSAGIRKVLFLDGIDKAQDEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1PV LVSAGIRKILFLDGIDKAQDEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1B5 LVSAGIRKILFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1N5 LVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1MN LVSAGIRKVLFLDGIDKAQEDHEKYHSNWRAMASDFNLPPIVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1OY LVSAGIRKVLFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAM HIV1U4 LVSSGIRKVLFLDGIDKAQEDHEKYHCNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCNKCQLKGEAM SIVCZ LVSAGIRKVLFLDGIDRAQEEHERYHSNWKAMASDFNLPPIVAKEIVAHCDKCQVKGEAM HIV2CA LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHTNVKELCHKFDIPQLVARQIVNTCAQYQQKGEAI HIV2RO LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAI HIV2SB LVSQGIRQVLFLERIEPAQEEHGKYHSNVKELAHKFGLPNLVARQIVNTCAQCQQKGEAI HIV2KR LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGLPKLVARQIVNTCAQCQQKGEAI HIV2ST LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGLPKLVARQIVNTCTQCQQKGEAI HIV2D1 LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHSNIKELTHKFGIPQLVARQIVNTCAQCQQKGEAI HIV2G1 LVSQGIRQVLFLERIEPAQEEHEKYHSNMKELTHKFGIPQLVARQIVNTCAQCQQKGEAI Smanga_S4 LVSQGIRQVLFLKKIEPAQEEHEKYHSNVKELVFKFGLPRLVAKQIVDTCDKCHQKGEAI Smanga_SP LVSQGIRQVLFLEKIEPAQEEHEKYHSNVKELVFKFGLPRLVAKQIVDTCDKCHQKGEAI *** ***::***. *: **::* :** * : : .*.:* :**::** * : : ****: HIV1ND HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1Z2 HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPV HIV1H2 HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1PV HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1B5 HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1N5 HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1MN HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV1OY HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKIILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPV HIV1U4 HGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFILKLAGRWPV SIVCZ HGQVDCSPGIWQVDCTHLEGKVIIVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPV HIV2CA HGQVNAEVGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI HIV2RO HGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI HIV2SB HGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI HIV2KR HGQVDAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLASRWPI HIV2ST HGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI HIV2D1 HGQVNAEIGVWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI HIV2G1 HGQVNAEIGVWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPI Smanga_S4 HGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPI Smanga_SP HGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLASRWPI ****:.. * **:********:*:********:******* *:*::** *:****.***: HIV1ND KVVHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1Z2 KIVHTDNGSNFTSAAVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1H2 KTIHTDNGSNFTGATVRAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1PV KTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1B5 KTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1N5 KTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1MN KTIHTDNGPNFTSTTVKAACWWTGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAE HIV1OY KTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNNELKKIIGQVRDQAE HIV1U4 KVIHTDNGSNFTSAAVKAVCWWANIQQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVREQAE SIVCZ KTIHTDNGPNFTSAAVKAACWWADIKQEFGIPYNPQSQGVVESLNKELKKIIGQVRDQAE HIV2CA THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWVGIEQTFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN HIV2RO THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN HIV2SB THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWVGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQIERIREQAN HIV2KR THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWTGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN HIV2ST THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN HIV2D1 THLHTDNGPNFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN HIV2G1 THLHTDNGSNFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQAN Smanga_S4 THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWAGIEQTFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKTQIDRIREQAN Smanga_SP THLHTDNGANFTSQEVKMVAWWAGIEQTFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKTQIDRIREQAN . :*****.***. *: ..** .*:* **:*********:*::*:.**. * ::*:**: HIV1ND HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTRELQKQIIKIQNFRVYYRDS HIV1Z2 HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1H2 HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1PV HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1B5 HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1N5 HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1MN HLKRAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVGIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1OY HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDS HIV1U4 HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIIDIIATDIQTKELQKQISKIQNFRVYYRDS SIVCZ HLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYTAGERIIDIIATDIQTSELQKQILKVQKFRVYYRDS HIV2CA TVETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTEQEIQFLQAKNSKLKNFRVYFREG HIV2RO TIETIVLMAIHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTEQEIQFLQAKNSKLKDFRVYFREG HIV2SB TMETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPVERLVNMITTEQEIQFLQAKNSKLKNFRVYFREG HIV2KR TMETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFLHAKNSKLKNFRVYFREG HIV2ST TVETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLINMVTAEQEIQFLQAKNSKLQNFRVYFREG HIV2D1 TIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFLQRKNSNFKKFQVYYREG HIV2G1 TIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFLQRKNSNFKNFQVYYREG Smanga_S4 SIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLVNMITTEQEIQFQQSKNSKFKNFRVYYREG Smanga_SP SIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPAERLVNMITTEQEIQFQQSKNSKFKNFRVYYREG :: * **:. ****:****. :. **::.::::: : : : :.:.*:**:*:. HIV1ND RDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKVKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1Z2 RDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKVKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1H2 RNPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1PV RNPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1B5 RNPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1N5 RDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1MN RDPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNNDIKVVPRRKAKVIRDYG--KQTAGDDCVASRQDED HIV1OY REPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQDED HIV1U4 RDPIWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCMAGRQDED SIVCZ RDPIWKGPATLLWKGEGAVVIQDQGELKVVPRRKAKIIRDYG--KQMAGDDCVASRQNED HIV2CA RDQLWKGPGELLWKGDGAVIVKVGTDIKIIPRRKAKIIRDYGGRQELDSSSHLEGARE-N HIV2RO RDQLWKGPGELLWKGEGAVLVKVGTDIKIIPRRKAKIIRDYGGRQEMDSGSHLEGARE-D HIV2SB RNQLWQGPGELLWKGDGAVIVKVGTDIKVIPRRKAKIIRDYGPRQEMDSGSHLEGARE-D HIV2KR RDQLWKGPGELLWKGDGAVIVKVGTDIKIVPRRKAKIIRDYGGRREVDSSSHLEGTRE-D HIV2ST RDQLWKGPGELLWKGDGAVIVKVGADIKIIPRRKAKIIKDYGGRQEMDSGSNLEGARE-D HIV2D1 RDQLWKGPGELLWKGDGAVIVKVGADIKVVPRRKAKIIRDYGGRQELDSSSHLEGARE-D HIV2G1 RDQLWKGPGELLWKGDGAVIVKVGADIKVIPRRKAKIIRDYGGRQELDSS-HLEGAREED Smanga_S4 RDQLWKGPGELLWKGEGAVILKVGTEIKVVPRRKAKIIKDYGGGKELDSGSHLEDTGE-A Smanga_SP RDQLWKGPGELLWKGEGAVILKVGTEIKVVPRRKAKIIKDYGGGKELDSGSHLEDTGE-A *: :*:**. *****:***::: ::*::****.*:*:*** :: .. : . : HIV1ND ---- HIV1Z2 ---- HIV1H2 ---- HIV1PV ---- HIV1B5 ---- HIV1N5 ---- HIV1MN ---- HIV1OY ---- HIV1U4 ---- SIVCZ ---- HIV2CA GEVA HIV2RO GEMA HIV2SB GEMA HIV2KR GEVA HIV2ST GEVA HIV2D1 GEVA HIV2G1 GEVA Smanga_S4 REVA Smanga_SP REVA